Keberadaan Komisi Anak di GKI Gunsa adalah sebagai wadah pembinaan bagi jemaat anak-anak mulai dari bayi sampai dengan usia 13 tahun. Masa kanak-kanak merupakan masa yang paling penting bagi pembentukan karakter dan kepribadian sehingga anak perlu mendapatkan bimbingan dan perhatian yang baik dan benar agar di usia dewasanya nanti anak tersebut menjadi garam dan terang bagi sesamanya. Tanggung jawab pembinaan anak tidak hanya berada pada orang tua dan guru di sekolah saja, tetapi guru rohani (Guru Sekolah Minggu) di gereja mempunyai peranan yang tidak kecil dalam hal tersebut. Menyadari hal inilah maka Majelis Jemaat GKI Gunsa merasa perlu dibentuk suatu komisi khusus yaitu Komisi Anak untuk memperhatikan pembinaan anak-anak di GKI Gunsa.

Anak-anak di GKI Gunsa dapat beribadah khusus dengan teman-teman sebayanya di Sekolah Minggu. Dalam kelas Sekolah Minggu, anak-anak diajarkan untuk mengenal Firman Tuhan, berdoa dan bernyanyi memuji Tuhan. Tidak hanya pembinaan yang bersifat rohani saja, anak-anak juga dididik untuk memiliki mental dan karakter yang baik, yang serupa dengan Kristus. Dalam kelas Sekolah Minggu, anak-anak akan dibimbing dan didampingi oleh Guru-guru Sekolah Minggu (GSM).